lördag 22 oktober 2022
Kisseleva MV artikkeleita PubMed haku
Ooms L et al. Inositolipolyfosfaattien 5-aseman fosfataaseja on kymmenen: ( IPx-5-ptases)
Inositolipolyfosfaattien 5- aseman fosfataasien joukossa on 5-ptaasiIV joka on ppfsfpinositidi PI(3,4,5)P3 spesifinen ja vaikuttaa myös PI(4,5)P2, muotoon, jolloin produktit ovat PI(3,4)P2 ja PI(4)P. Tämä vaikuttaa tasapainonmuutosta PI3K- kinaasin produktien kesken: (PI(3,4,5)P3 ja PI(3,4)P2 ja samalla PKB/AKT-signalointitiehen) (Kisseleva MV kirjoitti asiasta 2002 seuraavassa 10 kpl Kisselevan artikkeleita PubMedistä).
Document: Current.
Lisa Ooms et al. 2009
Abstract: Review Article| March 13 2009
The role of the inositol polyphosphate 5-phosphatases in cellular function and human disease
DOI: 10.1042/BJ20081673
Phosphoinositides are membrane-bound signalling molecules that regulate cell proliferation and survival, cytoskeletal reorganization and vesicular trafficking by recruiting effector proteins to cellular membranes. Growth factor or insulin stimulation induces a canonical cascade resulting in the transient phosphorylation of PtdIns(4,5)P2 by PI3K (phosphoinositide 3-kinase) to form PtdIns(3,4,5)P3, which is rapidly dephosphorylated either by PTEN (phosphatase and tensin homologue deleted on chromosome 10) back to PtdIns(4,5)P2, or by the 5-ptases (inositol polyphosphate 5-phosphatases), generating PtdIns(3,4)P2. The 5-ptases also hydrolyse PtdIns(4,5)P2, forming PtdIns4P. Ten mammalian 5-ptases have been identified, which share a catalytic mechanism similar to that of the apurinic/apyrimidinic endonucleases. Gene-targeted deletion of 5-ptases in mice has revealed that these enzymes regulate haemopoietic cell proliferation, synaptic vesicle recycling, insulin signalling, endocytosis, vesicular trafficking and actin polymerization. Several studies have revealed that the molecular basis of Lowe's syndrome is due to mutations in the 5-ptase OCRL (oculocerebrorenal syndrome of Lowe). Futhermore, the 5-ptases SHIP [SH2 (Src homology 2)-domain-containing inositol phosphatase] 2, SKIP (skeletal muscle- and kidney-enriched inositol phosphatase) and 72-5ptase (72 kDa 5-ptase)/Type IV/Inpp5e (inositol polyphosphate 5-phosphatase E) are implicated in negatively regulating insulin signalling and glucose homoeostasis in specific tissues. SHIP2 polymorphisms are associated with a predisposition to insulin resistance. Gene profiling studies have identified changes in the expression of various 5-ptases in specific cancers. In addition, 5-ptases such as SHIP1, SHIP2 and 72-5ptase/Type IV/Inpp5e regulate macrophage phagocytosis, and SHIP1 also controls haemopoietic cell proliferation. Therefore the 5-ptases are a significant family of signal-modulating enzymes that govern a plethora of cellular functions by regulating the levels of specific phosphoinositides. Emerging studies have implicated their loss or gain of function in human disease.
torsdag 20 oktober 2022
Annexiini A2 toimii myeliinialueellakin ja on membraaniappositiossa apuna (2022 tietoa)
https://doi.org/10.3390/cells9020470
Huomaa: Myeliini on hermojen kaapeliainetat ja sen takia siinä ei ole inositolijärjestelmän nopeasti vaihtuvia ja impulssikehitystä ja energiamuodostusta tukevia modulijäseniä niin merkattu esiin. Siihen sen sijaan uppotuu pitkn kestäiä rakenteita, jotka tietysti uusiutuat pikkuhiljaa, koska aivomodulilla on se rasvarakenteittensa puoliintumisaika ja uusiintumisaikansa.
Sen sijaan neuronien puoella signaalia lähettävissä terminaalei ja energian generaattorikohdissa kyllä niitä PI-lipidiaineita havaitaan. runsaammin: Harmaan aineen soluissa. Otan tähän fytiiniblogiin mukaan myeliinin kaapelirakenteen korostaakseni että inositolipideillä on ietty oma modulinsa joka toimii kalvojärjestelmän ja sytoplasman rajapinnoissa energian kehityksessä ja signaalien aikaansaamisessa. Niitten molekyylien toimintasykli on nopeahkoa. Myös haiman harmaiden saarekkeiden soluilla on samantapaista inositoli-lipidien ja inositolipolyfosfaattien modulin toimintaa- energiatarkoituksiin koko keholle ja energiainetta aivojen tarpeisiin tuottamiseen, koska neuronien energiatarve on jatkuva ja neuronin resurssit toimia metabolisesti ovat rajalliset. .
Mitkondrioilla, joilla on oma DNA:nsa mtDNA, on myös omanlaatuisensa kalvolipidi kardiolipiini, jota ei ole aivorakenteissa eikä haimassa muuta kuin solujen mitokondrioissa ( ja niiden kalvojärjestelmissä sijaitsee mm. ihmisen energialaitos).
Onko annexiineillä jotakin osuutta kardiolipiinissäkin, kun annexeenja on toista tuhatta muissakin kuin selkärankaisissa. saattaa olla, mutta ei niitä ANX A-tyyppisiä, vertebrata tyyppisiä, luulisin. Ihmisen oman DNA:n koodaama ANXA voi ilmeisesti translokoitua mitokondraian ja aiheutaa apoptoosin kuten ANX5 ( https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4256031/).
Annexin A2 (ANXA2) sitoutuu PI (4,5)P2 -fosfatidylinositidilajiin solun cytokineesin alkutapahtumissa.
Rescher U, Ruhe D, Ludwig C, Zobiack N, Gerke V (2004) Annexin 2 is a phosphatidylinositol (4,5)-bisphosphate binding protein recruited to actin assembly sites at cellular membranes. J Cell Sci 117: 3473–3480CrossrefCASPubMedWeb of Science®Google Scholar
Janetopoulos C, Devreotes P (2006) Phosphoinositide signaling plays a key role in cytokinesis. J Cell Biol 174: 485–490CrossrefCASPubMedWeb of Science®Google Scholar
onsdag 19 oktober 2022
Lipocortin III, ANXA3 tuottaa (hydrolysoi esiin) Inositoli-1-fosfaattimuotoa Ins-2-fosfaatista.
Reaktion merkitys: Katabolinen inositolipolyfosfaattien purkaminen fosfaateista takaisin siihen inositolimuotoon, muotoon, josta voi jälleen alkaa fosfolipidien synteesi ( kuten myoinositolin fosfatidihapon ja CTP-energian avulla de novo) solussa kohti PI, PIP, PIP2 muotoja).
https://www.sciencedirect.com/topics/biochemistry-genetics-and-molecular-biology/annexin
Inositol Phosphate Metabolism
Theodora S. Ross, in Cellular and Molecular Mechanisms of Inflammation: Signal Transduction in Inflammatory Cells, Part A, 1992
Cyclic Hydrolase
The primary sequence of the cyclic hydrolase is identical to that of lipocortin III, a member of a large family of homologous calcium- and phospholipid-binding proteins without defined biological functions (88). Some of these proteins have been shown to be phosphorylated in response to growth factors. The purified enzyme (33 kDa) is inhibited by inositol 2-phosphate [Ins(2)P], Zn2+, and glycerophosphoinositol (GroPIns) and stimulated by acidic phospholipids (87, 89). The pattern of interaction with particular phospholipids is the same as that previously observed for lipocortins (88, 90). The mechanism of inhibition by GroPIns is due to its ability to act as a substrate for this enzyme (89). The regulatory significance of this reaction is unclear, as the level of GroPIns-hydrolyzing activity measured in cellular extracts does not inversely correlate with the cellular levels of GroPIns (T. S. Ross and P. W. Majerus, unpublished observations). The presence of significant amounts of Ins(2)P and GroPIns in cells has been well documented (89, 91) and suggests that they may function as regulators of cellular cIns(1:2)P levels.
Measurement of the cyclic hydrolase activity in cellular extracts has unveiled a very interesting pattern. Cells with relatively low to nondetectable activity were either completely transformed or partially transformed (92). When levels of cyclic inositol phosphates were measured in these cells, it was found that cIns(1:2)P increased in proportion to the decreased cyclic hydrolase activity. The enzyme activity is also increased within one cell type when it is in a confluent state as compared to a logarithmically growing state. Overexpression of cyclic hydrolase in cells decreases the cIns(1:2)P levels as well as the final saturation density. In addition, high endogenous expression of cyclic hydrolase in cells tends to correlate with the differentiated state (e.g., high levels in platelets, brain, and neutrophils and low levels in several immortalized tissue culture cell lines of fibroblasts and T cells). The finding that this correlation exists both in nature and during heterologous expression of the enzyme makes the discovery of a cellular function for cIns(1:2)P likely to be successful. Further studies of the regulation of the cyclic hydrolase activity and cIns(1:2)P cellular levels will yield valuable information as to how to continue the quest for the function(s) of the cyclic bond.
https://www.jlr.org/article/S0022-2275(20)34570-3/fulltext
https://www.nature.com/articles/ncomms9505
Jälkimmäisessä artikkelsisa näkyy se Ins-1 fosfaattimuoto, oka rikastuu PIP muotoon eli muuttuu samalla vesiliukoisten poly ja monofosfaattein puolelta rasvaliukoisiin, fosfolipidien puolelle, jolloin siitä tulee annexiinijärjestelmälle molekyyli, johon jokin ANX voi sitoutua. Ainakin ANXA2 tumankalvon modifioinneissa solunjaossa sytokineesin alussa. PI(4,5)P2 muoto on tuma-alueelle tunnusomainen PL-muoto. ( salvage tie, ei: de novo tie)
tisdag 18 oktober 2022
ANGIOSTATIINI ja sen hyödylliset ominaisuudet. "Angiostatiini"-valmistettakin on.
Normaalisti verisuonistossa kiertävästä Glu-plasminogeenistä muodstuu - sen havaittua hyytymää ja kiinnityttyä siihen suonen sisäpinnalla- plasminogeeniä. Normaalisti kuitenkin muodostuu myös angiostatiinia 3%:sti plasminogeenistä. Onpohdittu, miten se muodostuu.
tiedetään ainkin, että matrixmetalloproteiineista käsin- niiden aktivoiduttua plasmiinista preMMP-muodosta MMP-muotoon, usea MMP pystyy pilkkomaan Glu-PLG- muodsta angiotensiinia esiin. Näistä on mainittu elastaasi tässä alla olevassa linkissä. Elastaasi voi tuottaa kahta eri kokoa angiostatiinia: toisessa on 4 rinkulaa jäljellä ja toisessa vain 3 rinkulaa, niitä rinkuloita , joita plasminogeenillä ja plasmiinilla on 5 kpl.
Ainakin lyhemmällä angiostatiinilla on havaittu aivan tuumorin kasvua vastustavaa vaikutusta. Suoniston sisällä hyytymässä alkavaa neovaskularisaatiotaipumusta tietysti vastustaa heti jo angiostatiinin pitempikin muoto. tuumorfeista on identifioitu angiostatiinin kaltainen molekyyli, joka oli hieman päistään lyhempi kuin normaalit angiostatiinimuodot. Lääketehdas taas on kehittänyt angiostatiinimuodon, joka kattaa angiostatiinin molempien päiden rakenteet ja on tehty verisuoistossa kiertävästä plasminogeenistä. Sillä on todettu eläinkokeissa antiproleratiivista vaikutusta, tosin sen käyttäminen tai testaaminen lääkkeenä ei ole helppoa,sillä rakenneta täytyy säilyttää alle 70 celsiusasteen pakkasessa.
https://www.haemtech.com/products/protease-inhibitors/human-angiostatin
Perustava molekyyli PLASMINOGEENI (PLG) omaa kaksi glykoformia ihmisessä Tyyppi I ja Tyyppi II
https://diapharma.com/plasminogen-plg/
Sitaatti 18.10.2022:
"Plasminogen (PLG)
Plasmin is released as a zymogen called plasminogen (PLG) from the liver into the factor IX systemic circulation. Two major glycoforms of plasminogen are present in humans – type I plasminogen contains two glycosylation moieties (N-linked to N289 and O-linked to T346), whereas type II plasminogen contains only a single O-linked sugar (O-linked to T346). Type II plasminogen is preferentially recruited to the cell surface over the type I glycoform. Conversely, type I plasminogen appears more readily recruited to blood clots."
(Tässä lähteessä kaavat Plasminogeeni, sen aktivaattorit t-PA kudosaktivaattori ja munuaisperäinen u-PA) .
Pseudogeeni 19q13.42 Diphosphoinositol polyphosphate phosphohydrolase ja sen funktion tekeviä geenejä
Tämän kaltaista funktiota on usealla fosfohydrolaasilla, mutta tälle geenille ei löytynyt paikan lisäksi muuta erityistietoa. (Tällä ryhmällä
NUDT3 | Nudix Hydrolase 3 | Protein Coding | 38 | GC06M069334 | 38.75 | ||
2 | NUDT4 | Nudix Hydrolase 4 | Protein Coding | 40 | GC12P093412 | 37.54 | |
3 | NUDT11 | Nudix Hydrolase 11 | Protein Coding | 37 | GC0XM051490 | 36.56 | |
4 | NUDT10 | Nudix Hydrolase 10 | Protein Coding | 35 | GC0XP051332 | 33.10 | |
5 | ENSG00000267689 | Diphosphoinositol Polyphosphate Phosphohydrolase 2, Pseudogene |
GeneCards Summary for ENSG00000267689 Gene
ENSG00000267689 (Diphosphoinositol Polyphosphate Phosphohydrolase 2, Pseudogene) is a Pseudogene.
Additional gene information for ENSG00000267689 Gene
IMPA, Inositolimonofosfataasi 1 (8q21.13)
https://alphafold.ebi.ac.uk/entry/P29218
External Ids for IMPA1 Gene
Annexiini A3, ANXA3 , pilkkoo syklisestä inositoli-1,2-fosfaatista esiin ins(1)fosfaattia
( 4q21.21) ANXA3 , Annexin A3
(inositoli-1,2- cykl.fosfaatti-2 fosfohydrolaasi)
https://www.ebi.ac.uk/pdbe/pdbe-kb/proteins/P12429
ANXA3
Organism:
Homo sapiens (Human)
Synonyms:
ANX3
Uniprot:
P12429go to UniProt
Biological function:
Inhibitor of phospholipase A2, also possesses anti-coagulant properties. Also cleaves the cyclic bond of inositol 1,2-cyclic phosphate to form inositol 1-phosphate go to UniProt
Aliases for ANXA3 Gene
https://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.plgene=ANXA3&keywords=ANXA3
GeneCards Symbol: ANXA3
Annexin A3
ANX3
Inositol 1,2-Cyclic Phosphate 2-Phosphohydrolase
Placental Anticoagulant Protein III
35-Alpha Calcimedin
Lipocortin III
Annexin-3
PAP-III
Annexin III (Lipocortin III, 1,2-Cyclic-Inositol-Phosphate Phosphodiesterase, Placental Anticoagulant Protein III, Calcimedin 35-Alpha)
Annexin III (Lipocortin III)
Calcimedin 35-Alpha
Annexin III
External Ids for ANXA3 Gene
Entrez Gene Summary for ANXA3 GeneThis gene encodes a member of the annexin family. Members of this calcium-dependent phospholipid-binding protein family play a role in the regulation of cellular growth and in signal transduction pathways. This protein functions in the inhibition of phopholipase A2 and cleavage of inositol 1,2-cyclic phosphate to form inositol 1-phosphate. This protein may also play a role in anti-coagulation. [provided by RefSeq, Jul 2008]
GeneCards Summary for ANXA3 Gene
ANXA3 (Annexin A3) is a Protein Coding gene. Diseases associated with ANXA3 include Ovarian Cancer and Prostate Cancer. Among its related pathways are Prostaglandin synthesis and regulation. Gene Ontology (GO) annotations related to this gene include calcium ion binding and calcium-dependent phospholipid binding. An important paralog of this gene is ANXA4.
UniProtKB/Swiss-Prot Summary for ANXA3 Gene
Inhibitor of phospholipase A2, also possesses anti-coagulant properties. Also cleaves the cyclic bond of inositol 1,2-cyclic phosphate to form inositol 1-phosphate. ( ANXA3_HUMAN,P12429 )
fredag 5 augusti 2022
Inositolipolyfosfaattien metaboliasta Avustusta HCV ja SARS-2 koronaviruksen viruksen replikaatio-organellin luomiseen.
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/27701417/
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/23107997/
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/24152294
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/10777568/
https://www.pnas.org/doi/full/10.1073/pnas.1922284117