PICALM, fosfatidyyli-inositolia sitova klatriinia koostava proteiini

https://www.youtube.com/watch?v=QzGrvCHgQO0
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/8301 

Official Symbol

PICALMprovided by HGNC

Official Full Name

phosphatidylinositol binding clathrin assembly proteinprovided by HGNC

Also known as

LAP; CALM; CLTH

Preferred Names

phosphatidylinositol-binding clathrin assembly protein

Names

clathrin assembly lymphoid myeloid leukemia protein

Summary

This gene encodes a clathrin assembly protein, which recruits clathrin and adaptor protein complex 2 (AP2) to cell membranes at sites of coated-pit formation and clathrin-vesicle assembly. The protein may be required to determine the amount of membrane to be recycled, possibly by regulating the size of the clathrin cage. The protein is involved in AP2-dependent clathrin-mediated endocytosis at the neuromuscular junction. A chromosomal translocation t(10;11)(p13;q14) leading to the fusion of this gene and the MLLT10 gene is found in acute lymphoblastic leukemia, acute myeloid leukemia and malignant lymphomas. The polymorphisms of this gene are associated with the risk of Alzheimer disease. Multiple alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, May 2011]

Expression

Ubiquitous expression in fat (RPKM 64.4), appendix (RPKM 52.9) and 25 other tissues See more

Orthologsmouse all

Bibliography

Related articles in PubMed

1. PICALM Gene Methylation in Blood of Alzheimer's Disease Patients Is Associated with Cognitive Decline. Mercorio R, et al. J Alzheimers Dis, 2018. PMID 30040717

GeneRIFs: Gene References Into Functions

 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/30472946

 We found statistically significant association between the AD risk variant PICALM GG and increase in the P3 latency in subjects over 50 years old. The age-dependent increase in the P3 latency was more pronounced in the PICALM GG carriers than in the carriers of the PICALM AA and PICALM AG genotypes.

 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/NP_001008660.1

 

                /organism="Homo sapiens"
                     /db_xref="taxon:9606"
                     /chromosome="11"
                     /map="11q14.2"
     Protein         1..610
                     /product="phosphatidylinositol-binding clathrin assembly
                     protein isoform 2"
                     /note="clathrin assembly lymphoid myeloid leukemia
                     protein"
                     /calculated_mol_wt=66262
     Region          24..282
                     /region_name="ANTH"
                     /note="ANTH domain; pfam07651"
                     /db_xref="CDD:311541"
     Site            order(28,38,40..41)
                     /site_type="other"
                     /note="PtdIns(4,5)P2-binding site"
                     /db_xref="CDD:239622"
     Region          <268 ..="">366
                     /region_name="COG4223"
                     /note="Uncharacterized conserved protein [Function
                     unknown]"
                     /db_xref="CDD:226676"
     CDS             1..610
                     /gene="PICALM"
                     /gene_synonym="CALM; CLTH; LAP"
                     /coded_by="NM_001008660.3:305..2137"
                     /note="isoform 2 is encoded by transcript variant 2"
                     /db_xref="CCDS:CCDS31653.1"
                     /db_xref="GeneID:8301"
                     /db_xref="HGNC:HGNC:15514"
                     /db_xref="MIM:603025"
ORIGIN      
        1 msgqsltdri taaqhsvtgs avsktvckat theimgpkkk hldyliqctn emnvnipqla
       61 dslferttns swvvvfksli tthhlmvygn erfiqylasr ntlfnlsnfl dksglqgydm
      121 stfirrysry lnekavsyrq vafdftkvkr gadgvmrtmn tekllktvpi iqnqmdalld
      181 fnvnsneltn gvinaafmll fkdairlfaa ynegiinlle kyfdmkknqc kegldiykkf
      241 ltrmtrisef lkvaeqvgid rgdipdlsqa psslldaleq hlaslegkki kdstaasrat
      301 tlsnavssla stglsltkvd erekqaalee eqarlkalke qrlkelakkp htslttaasp
      361 vstsaggimt apaidifstp sssnstsklp ndlldlqqpt fhpsvhpmst asqvastwgg
      421 ftpspvaqph psaglnvdfe svfgnkstnv ivdsggfdel ggllkptvas qnqnlpvakl
      481 ppsklvsddl dsslanlvgn lgigngttkn dvnwsqpgek kltggsnwqp kvapttawna
      541 atmngmhfpq yappvmaypa ttptgmigyg ippqmgsvpv mtqptliysq pvmrppnpfg
      601 pvsgaqiqfm
//

(PIP2 koostumuksen  merkitys: PIP2:n  rasvahappokoostumus  on riippuvainen ravinnosta.

Fosftidyyli-inositolit valitsevat ensisijassa fosfatidyyliin rasvahappoja steariinihappo sn1 asemaan ja arakidonihappo sn2 asemaan.   Katson  tätä  PIP2;n  "kiinnitysvartta", pitkien  rasvahappojen kohtaa tarkemmin, varsinkin  steariinihaposta seuraavassa muistiinpanoa)  

 

PIP2 ja solusykli. Tumaprosessien säätelyssä PI(4,5)P2

Tuman PI(4,5)P2 asettuu mitoottisesti säädeltyihin partikkeleihin pre-mRNA muokkauksessa.

LÄHDE: Osborne SL, Thomas CL, Gschmeissner S, Schiavo G.
Nuclear PtdIns(4,5)P2 assembles in a mitotically regulated particle involved in pre-mRNA splicing.
 J Cell Sci. 2001 Jul;114(Pt 13):2501-11

Fosfoinositidien (PI-fosfolipidien) “ turn over”, aineenvaihdunta kehossa säätelee monia soluprosesseja.

Niiden roolista sytoplasmassa eli solulimassa tunnetaan varsin paljon ja siihen tietoon verrattuna niiden funktioista tumassa, nukleaarisista fosfoinositideistä, on ollut hyvin vähän tietämystä aiemmin. (Tämä toteamus on vuodelta 2001- joten varmasti juuri tältä alalta on suuresti kasvavaa tietomäärää saatavilla!)

Tässä artikkelissaan tiedemiehet ovat osoittamassa, että fosfatidyyli-inositoli (4,5)-bifosfaatti joka on tärkeä PIP2 fosfolipidimuoto tumassa (merkataan myös: PI(4,5)P(2)), näyttää esiintyvän stabiilisti assosioituneena elektronegatiivisiin  hiukkasiin tuman sisällä ja muistuttaa interkromatiinijyvästen kertymiä (interchromatin granule clusters).

Nämä PIP2 tumatyypin fosfolipidiä sisältävät rakenteet omaavat sellaista jakautumista tumassa, mikä on solun syklistä riippuvaa ja käsittää sekä transkriptionaalista koneistoa että pre-mRNA-prosessointikoneistoa , mukaanluettuna RNA-polymeraasi II ja splicing factor SC-35.

Eräillä tutkimuksilla ( immunodepleetio ja add-back kokeilla) osoitettiin että PI(4,5)P(2) ja assosioituneet tekijät ovat välttämättömiä, mutta eivät riittäviä, jotta pre-RNA pilkkoutuisi koeputkessa, joten tämä viittaisi siihen, että PI(4,5) P2-sisältävät kompleksit omaavat kriittistä osaa tuman pre-mRNA:n prosessoinnissa.



30/03/2009 23:37

Tuman PIPK, ja PI(4,5)P(2)synteesi

Tuman inositidien funktioista ja aineenvaihdunnasta.

• Tyypin I PIPK- entsyymi ja sen tuotteen PI(4,5)P2 synteesi tumassa

Inositidien (PI fosfolipidit) signalointia plasmakalvossa on osoitettu tapahtuvan lukuisissa soluprosesseissa ja niihin kuuluu sytoskeletonin dynamiikka, rakkuloitten kuljetus ja geenitranskriptio.
Tutkimuksissa on myös havaittu, että tumalla (nucleus) on myös erilliset, selvästi erotettavat inositidi-tiensä ja näiden teiden kautta tapahtuu nukleaaristen prosessien säätelyä kuten mRNA kuljetus (export) ulos tumasta, solusyklin progressio, geenitranskriptio ja DNA repair. DNA materiaalin korjaantumiset .

Nämä samat tiedemiehet ovat osoittaneet aiemmin, että PIP2-synteesi ( tärkeä muoto:PI(4,5)P2) stimuloituu, kun solusykli progredioituu G1 faasista S faasiin, vaikkakaan ei ole tunnettu mekanistisia yksityiskohtia siitä seikasta, millä tavalla solusyklin progredioituminen sysäisee nukleaaristen inositidien säätelyä tai vice versa ( Tämä artikkeli on vuodelta 2002).

Tässä tutkimuksessaan tiedemiehet osoittavat, että pRB, joka säätelee solut progredioitumaan G1 faasista S-faasiin kautta on interaktiossa sekä koeputkessa että in vivo I- tyypin PIP-kinaasiin. Se taas on entsyymi, joka vastaa tuman PI(4,5)P(2) fosfolipidimolekyylien synteesistä,
(tumatyypin PIP2 on fosfatidyyli (4,5) inositoli difosfaatti elikkä PtdIns(4,5)P(2).

Lisäksi interaktio stimuloi 1-tyypin alfa-PIP-kinaasia koeputkitutkimuksissa.

Kun tutkijat käyttivät eräitä hiiren erytroleukemiasoluja (MEL), joissa oli lämpötilalle herkkä mutanttiantigeeni, he pystyivät osoittamaan in vivo –vähenemää tuman PI(4,5)P(2) pitoisuuksissa , mikä löytö oli johdonmukaista sen seikan kanssa, että mainittu antigeeni katkaisi interaktion pRB:n ja tyypin I kinaasin välillä.

Tämä tutkimus osoitti ensi kertaa, että on olemassa mahdollinen mekanismi, millä solun syklin progressoituminen voisi säädellä tuman (nukleuksen) inositidien pitoisuuksia - tai siis että asiat ovat assosioituneet toisiinsa.

LÄHDE:
Divecha N, Roefs M, Los A, Halstead J, Bannister A, D'Santos C. Type I PIP-kinases interact with and are regulated by the retinoblastoma susceptibility gene product-pRB. Curr Biol. 2002 Apr 2;12(7):582-7