Etiketter

Summa sidvisningar

Sidor

Leta i den här bloggen

fredag 22 april 2016

Väitöskirja PI3K ja ARAP2 rooleista glukoosiaineenvaihdunnan säätelyssä

http://hdl.handle.net/2077/41833
On esitteillä uusi väitöskirjan. Otsikko on   Roles of PI3K and ARAP2 in regulating glucose metabolism.
Väittelijä on Aditi Chaudhari. Vastaväittäjä on Sveitsistä  professori Matthias Wymann.
Väitöstilaisuus on edessäpäin ja tässä katson alustavasti abstraktin sanomaa.
ISBN: 978-91-628-9803-8.

Tässä väitöskirjassa on kolme osaa jossa on  näiltä suunnilta läheystytty  tärkeää glukoosimetaboliaa ja samalla kalvofunktiodynamiikkaa, mikä siihen kuuluu. Täytyyhän kaikki sokeri saada kuljetettua  kalvon läpi solun saataville mieluiten  järjestyneesti sen oikeita reittejä myöten eikä  diffundoitumalla  liian suuren pitoisuuden takia ja glykosylaatiota vaikutatmalla.
PI3K entsyymin funktioita peilattiin  esiin  sen deleetio ja mutaatiomuodoista käsin.
  Kolmannessa osassa selviteltiin ARAP2 säätelyä sfingolipidiaineenvaihduntaan ja GLUT1 välitteiseen   glukoosin soluun ottoon.

(http://www.polygenicpathways.co.uk/autismkegg.htm  Tässä hyvässä kartassa näkyy onkologian kannalta PI3K  funktion kohta.PTEN muutaa takaisin PIP3 muodon PIP2 mutoon. Onkologiass tässä on häiriötä.

Väitöstyön I osa: Allaoleva kuva  ei liity väitöskirjaan, mutta  esittää nämä isomeerit, jotka  työssä deletoidaan. 

I. Chaudhari A, Ejeskär K, Wettergren Y, Kahn CR, Sopasakis VR.
 Hepatic deletion of p110α and p85α results in insulin resistance despite sustained IRS1-associated lipid kinase activity. Manuscript

http://physiologyonline.physiology.org/content/20/4/271




 Väitöksen toisessa osassa tutkinaan p110alfan mutaatiota  ja mitä siitä seuraa. metabolinen uudelleenohjelmoituminen,

II. Chaudhari A, Krumlinde D, Lundqvist A, Akyürek L, Bandaru S, Skålén K, Ståhlman M, Borén J, Wettergren Y, Ejeskär K, Sopasakis VR
. p110α Hot Spot Mutations in E545K and H1047R Exert Metabolic Reprogramming Independently of p110α Kinase Activity. Mol Cell Biol. 2015; Oct;35(19):3258-73.
VISA ARTIKEL


Väitöskirjan kolmasosa selvittää ARAP2 osuutta  mikä heijastuu sfingolipidin syntesiin ja GLUT1 funktioon. 

III. Chaudhari A, Håversen L, Mobini R, Andersson L, Ståhlman M, Lu E, Rutberg M, Fogelstrand P, Ekroos K, Mardinoglu A, Levin M, Borén J. ARAP2, a novel regulator of sphingolipid metabolism affects GLUT1 mediated basal glucose uptake. Submitted

 Suomennosta tiivistelmästä:

Insuliinisignalointi välittyy kehossa monimutkaisen ja  mitä integroidumman verkoston välityksellä kontrolloiden kautta koko kehon moninaisia aineenvaihdunnallisia ja kasvuprosesseja.
Insuliinisignaloinnin avainentsyymi on fosfatidyyliunositoli-3-kinaasi (PI3K). (Fosforidyyli-inositolin lyhennys on PI)
(PI3K  katalysoi toisiolähetti-lipidin muodostumista  PI- inositolilipidien joukossa.. Numero 3 tarkoittaa inositolirunkossa 3- asemaa, johon 3-kinaasi asettaa fosfaatin . PI(4,5)P muodosta saadaan PI(3,4,5) muotoinen lipidi , siis PIP2-tyyppi  muutetaan PIP3-tyyppi muotoon.
http://www.medbio.info/Horn/Time%203-4/Insulin's%20Mechanism%20of%20Action.htm)
 
  Tässä  väitöskirjassa on tutkittu onkogeenisen PI3K entsyymimutaation vaikutusta  ja myös sen  avain-alayksikön  isoformien  deleetion vaikutusta  glukoosiaineenvaihduntaan.  Tunnistettiin myös ARAP2, joka sisältää PH-domaanin ja sen osuutta lipidipisaroitten muodostukseen selvitettiin.

  • Insulin signaling is mediated by a complex, highly integrated network which functions to control multiple metabolic and growth processes throughout the organism.PIP3 osallistuu  moniin solufunktioihin  kuten solun kasvuun, solun elossapysymiseen aj apoptoosiin.
  •  A key enzyme in the insulin signaling network is phosphatidylinositol 3-kinase (PI3-kinase). PI3-kinase catalyzes the production of the lipid second messenger, phosphatidylinositol 3, 4, 5- triphosphate (PIP3), which is involved in various cellular functions such as cell growth, survival and apoptosis. 
  •  In this thesis, we have investigated the impact of oncogenic mutations of PI3-kinase, as well as deletion of its key subunit isoforms on glucose metabolism. We also identified a PH-domain containing protein ARAP2, and investigated its role in lipid droplet formation.
  •  In Paper I, we investigated the effect of combined hepatic deletion of the PI3-kinase subunits p110α and p85α (L-DKO) on insulin signaling and glucose homeostasis. L-DKO mice developed impaired glucose-tolerance, but surprisingly displayed intact IRS1-associated lipid kinase activity. The mice exhibited decreased body weight, but similar adipose tissue weight, hepatic glucose production as well as normal insulin tolerance, demonstrating a paradoxical milder phenotype compared to mice having only p110α deleted in the liver.
I-osassa tutkittaessa PI3K kinaasialayksikköjen kombinoidun deleetion  vaikutusta, havaittiin huonontunut glukoositoleranssi, mutta yllättäen esiintyi  intaktiin  IRS1:een -liittynyt lipidikinaasiaktiivisuus.  Kehon paino laski hiirillä, mutta rasvakudos pysyi samanlaisena, samoin maksan glukoosin tuotto ja insuliinitoleranssi oli normaalia. Tämä oli paradoksalisen lievä fenotyyppi, verrattuna hiiriin, joilla vain p110 alfa deletoitiin maksasta.
  •  In Paper II, we investigated the effects of the hot spot mutations E545K and H1047R of p110α on hepatic and whole body glucose homeostasis. The expression of these mutations resulted in a reprogrammed cellular metabolism with marked accumulation of lipids and glycogen in the liver. Wild-type (wt) p110α expression did not result in hepatic lipid or glycogen accumulation despite having similarly increased expression of glycolytic and lipogenic genes.
P110alfa mutaatiot joita kätyettiin  johtivat  solun aineenvaihdunnan uudelleen järjestymään ja huomattavasti lipidia ja glykogeeniä alkoi  kertyä maksaan . Wt p110 ilmenemä ei  johtanut maksanlipidien tai glykogeenin ekrtymään, vaikka  glykolyyttisen ja lipogeeniset genit ilmentyivät   kohonneina.
  •  Furthermore, there was no difference in the kinase activity between the wt- and mutant-expressing mice, which suggest that the metabolic effects exhibited by the p110α mutants are linked to kinase-independent function(s) of the oncogenic p110α
Edelleen kinaasiaktiivisuudessa ei ollut eroa wt ja mutantti hiiren kesken, mikä vittaa siihen, että aineenvaihdunnalliset vaikutukset, joita p110 mutanteilla  ilmenee, ovat linkkiytyneet kinaasista riippumattomaan onkogeeniseen funktioon
  •  In Paper III, we identified ARAP2 as a PH-domain containing protein in the lipid droplet proteome. We show that knockdown of ARAP2 leads to diminished lipid droplet formation by decreasing the rate of triglyceride synthesis. The lower triglyceride synthesis rate resulted from decreased basal glucose uptake through lower expression of GLUT1, as well as reduced GLUT1 levels in the plasma membrane and lipid micro-domains. The effect on GLUT1 was mediated by increased glucosylceramide synthesis.

Työn kolmannessa osassa tunnistettiin ARAP2  proliini-histidiini-domaanin sisältävänä proteiinina lipidipisaraproteomsisa. ARAP2 poistogeenisyys johti  alentuneeseen lipidipisaramuodostukseen  TG-synteesin tahtia vähentämällä.  Tämä alempi TG-muodostuksen tahti johtui alentuneesta  peruslinjan glukoosin otosta soluun  GLUT1 kuljettan  vähentynen  ilmentymisen takia.  Myös GLUT1 pitoisuudet  plasmamebraanissa ja lipidi-mikrodomaaneissa olivat  alentunut.  Vaikutuksen GLUT 1:een  välitti lisääntynyt  glukosyylikeramidisynteesi. 

KOMMENTTI: Väitöskirja  avartaa  edelleen  energia-aineenvaihdunnan fundamentaalisia polkuja  osoitaen yhteyksiä  TG sytneesin ja glukoosin saannin eksekn ja glykosylaation harhapolun kohtia.  
Lisäksi PI3K säätelyyn tulee ottaa IPx kinaasinkin puolen  osuus IP6-IP7 muutos, mikä on mainittu tuossa liitetyssä vinkissä. 

Väitöskirja PI3-kinaasista ja ARAP2. Mikä on ARAP2



On esitteillä uusi väitöskirjan. otsikko on   Roles of PI3K and ARAP2 in regulating glucose metabolism.
Väittelijä on Aditi Chaudhari. Vastaväittäjä on Sveitsistä  professori Matthias Wymann.
Väitöstilaisuus on edessäpäin ja tässä katson alustavasti abstraktin sanomaa.

Eninnäkin  ARAP2 geenin  nimen tarkistus on tästä lähteestä:
http://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=ARAP2

ARAP2 geenillå  on  synonyymejä, joista sen tuntee: Centaurin Delta 1,Cnt-D1, CENTD1, Arf And Rho GAD Adapter protein 2,protein PARX, KIAA0580, PARX.
ARAP2 = Ankyrin Repeat AND PH Doman 2.
ARAP2 geeni sijaitsee kromosomissa 4p14(15.1)

Näistä ArfGAP-proteiineista on hyvä luettelo netissä syöpätutkimusten yhteydessä tästä lätheestä saa myös ARAP2 proteiinin sijoittumisen näitten joukkoon. 

ArfGAP-perhe   http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1600-0854.2007.00624.x/pdf 2007 

  • Review Arf GAPs and Their Interacting Proteins Hiroki Inoue and Paul A. Randazzo* Laboratory of Cellular and Molecular Biology, Center for Cancer Research, National Cancer Institute, Bethesda, MD 20892, USA Membrane trafficking and remodeling of the actin cyto-
  • skeleton are critical activities contributing to cellular
    events that include cell growth, migration and tumor
    invasion. ADP-ribosylation factor (Arf)-directed GTPase
    activating proteins (GAPs) have crucial roles in these
    processes. The Arf GAPs function in part by regulating
    hydrolysis of GTP bound to Arf proteins. The Arf GAPs,
    which have multiple functional domains, also affect the
    actin cytoskeleton and membranes by specific interac-
    tions with lipids and proteins. A description of these
    interactions provides insights into the molecular mecha-
    nisms by which Arf GAPs regulate physiological and
    pathological cellular events. Here we describe the Arf
    GAP family and summarize the currently identified
    protein interactors in the context of known Arf GAP
    functions.
    Key words: actin, Arf1, Arf6, ASAP1, circular dorsal
    ruffles, cortactin, EGF receptor, focal adhesion, invado-
    podia, podosome
    Received 10 May 2007, revised and accepted for publica-
    tion 6 July 2007, uncorrected manuscript published
    online 12 July 2007, published online 31 July 2007
    • ARAP21 on suurin proteiini näissä ArfGAP-perheen proteiineissa 
      ARAPs are the largest proteins in the Arf GAP family. GAPs in this subtype have
       a Rho GAP domain in addition to an ArfGAP domain. They also contain a sterile
      a-motif (SAM), five PH domains and a Ras association (RA) domain. Two
      of the five PH domains contain a PI(3,4,5)P3-binding con-sensus 
      sequence. PI(3,4,5)P3 more potently stimulates the Arf GAP activity of ARAPs 
      than do other  phosphoinositides . The three members of the ARAP subtype of
      Arf GAPs have different Arf specificities. ARAP1 (centaurin d1
      functions with Arf1 and Arf5 .  ARAP2 (centaurin d1 PARX
       preferentially uses Arf6, as compared with Arf1 and Arf5, as a substrate
      in vitro and in vivo . ARAP3 (DRAG/ centaurin d  has been reported to function as an Arf6 or Arf5 GAP in vitro and to regulate Arf6-dependent events including membrane protrusions and ruffling
      in vivo.



ARAP2 ja GLUT 1 suhteesta

 
30 Atherosclerosis Supplements 12, no. 1 (2011) 13184 Poster presentations
Conclusion: apoC1 is a constitutive inhibitor of CETP in normolipidemichumans, but it no longer operates in hyperlipidemic patients with CAD.
128 ARAP2-INDUCED CHANGES IN SPHINGOLIPID BIOSYNTHESIS PROMOTE LIPID DROPLET FORMATION BY INCREASING GLUT1 LEVELS IN THE PLASMA MEMBRANE L. Li 1, R. Mobini1, et al. 
.Sahlgrenska Center for Cardiovascular and Metabolic Research, Wallenberg Laboratory, University of Gothenburg, Gothenburg,Sweden,  2  Zora Biosciences Oy, Espoo, Finland

  Lipid droplets are organelles involved in the storage and processing of neutral lipids such as triglycerides, and recent evidence suggests a close interaction between lipid droplets and specialized domains of the plasma membrane known as lipid rafts.Here we identified ARAP2 as a lipid droplet-associated protein that increases the formation of lipid droplets by promoting triglyceride biosynthesis. ARAP2 increased basal glucose uptake and GLUT1 levels in the lipid raft fraction of the plasma membrane, which likely explains the increased triglyceride biosynthesis. 

We also showed that ARAP2 influenced the lipid composition of cells and the lipid raft fraction by promoting sphingomyelin biosynthesis and reducing glucosylceramide biosynthesis.
 Furthermore, we showed that ARAP2 could mediate these effects by inhibiting the activity of glucosylceramidesynthase.
 Inhibition of this enzyme promoted the activity of plasma membrane sphingomyelin synthase 2 and the accumulation of GLUT1 in the lipid raft fraction of the plasma membrane.
 We also showed that palmitic acid  (C16:0) increased the expression of ARAP2 and GLUT1 levels in the lipid raft fraction.
 Our data indicate that GLUT1 levels in lipid rafts, and hence basal glucose uptake and triglyceride biosynthesis, can be increased by an ARAP2-induced reduction in GCS activity and in the glucosylceramide biosynthesis. We therefore propose that ARAP2 is part of a mechanism that protects cells from lipotoxic fatty acids by increasing basal glucose uptake to promote lipid droplet formation.

Kommentti.  (siis normaalista etikkahaposta  2+2+2 tietä syntyvä palmitiinihappo c16  kääntyy paremminkin normaaliin sfingomyeliinin muodsotukseen  asti ja  glukoosikin  etenee  iparemmin fosforyloituneena  energiatiehen  rasvan pysyessä  rasvapisaroina eikä niiden  sokeroituneinta versioina. Palmitiinihappo on rasva-aineenavihdunnan kriittinen kohta,  koska siinä on oma entsyymipakkinsa heti kuin 2+2 synteesi saapuu   C16 kokoon)  Seriini ja palmitiini kondensoituvat B6 vitamiinin ja K1 vitamiinin avulla  sfinganiiniksi ja sitä tietä ceramidisynteesiin,josta tulee sfingomyeliiniä,  missä ei kaivata  tässä oksidoivaa sokeria.  diabeetista tilaa).  Siis käytännössä: pitää musitaakäyttää vihreitä ja mutia  vihanneksia, syödä siemenruokaa ja täysjyviä sekä  kalaa jaa palkohedelmiä eikä B-vitamiineista a  ole haittaa. .Siis koettaa  pitää normoglykemiaa ja välttää liikamäärää ravintoenergiaa.  

onsdag 4 november 2015

Inositolituman kierrätys avustaa pyrofosfaattien keräämistä orgaanisen fosfaatin puolelle tumasta

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/8554538
IP6 muodostuu tumaentsyymeillä ja siten pääsee tumasta ulos- ja plasmaan tullssa fosfaatit ovat jo  talletettu  esim NTP muodostuksiin. Inositolilla epäorgaaniset Pi  fosfaatit  saadaan DNA ja RNA synteesistä ja hajoituksista  nopeasti talteen ja taas  orgaaniseen muotoon ja energiapakettien valmistukseen.

Ravinnon tarjoama  IP6 muoto fytiini säilyttää tärkeän inositolituman tarpeeksi kauan intaktina jotta se pääsee  tähän  DNA-repair järjstelmään asti  aineenvaihduntaan.
Jos se jo syömisvaiheessa on fytaasilla hajoitettu epäorgaanisiksi fosfaateiksi ja alemmiksi inositolifosfaateiksi  ennen solujen  anabolisia  funktioita,  ei ole suhteellisesti tarpeeksi korkeita inositolifosfaatteja kataboliseen vaiheeseen, jossa   plasma sitten omalla fytaasilla ottaa fosfaatteja  irti spesifisistä kohdista
Koska kehon  IPx kohdistuvat entsyymit ovat  ehkä kudosspeisifisiä tai aitiospesifisiåä, on paras tarjota ravinnossa IP6 muotoa  jotta keho voi sen paikallisesti muokata käyttökelpoisiin muotoihin sillä  DNA repair systemi vaatii nopeasti saatavilla olevia  fosfaatteja siirteleviä muotoja. Fosfaati on aina johonkin liittyneenä,
Jos näitä kehikkoja ei ole- on sitten ongelmia kuten prufosfaattikiteet  tms. tai IP3/IP6 epäsuhde. 
Epäsuhde IP6 ja  alempien inositolifosfaatien  saannissa tai ravinnosa jossa ei ole  edullista inositolituman saantia (liika glukoosi sokeri estää sen saantia)  , tulee vaikutusta rakentellisten ja funktionaalisten inostiolijohdannaisten  aineenvaihduntaan.  Jos saadaan vain inostiolia, se  kulkeutuu solukalvolipideihin ja sitä kautta voi kehittyä IP3 ja  jopa IP6 kun on rikastumista  ATP.stä käsin.
Sen takia on hyvä saada IP6 muotoa ravinnossa( siemeinistä, jyvistä)  että  annetaan mahdollisuus keholle muokata niitä moninaisia muotoja, mitä erittäin kiireinen fosfaattien käsittelyjärjeselmä ja fosfatipuskuri  kehossa  tarvitsee. 
Eihän sitä Luojakaan odottanut luotuaan ihmisen, että tämä heti olisi oivaltanut  fytaatin saamisen tärkeyden, ja siksi antoi käskyn syödä kaikenlaisia siemeniä ja jyviä, että  ihminen voisi kehittyä DNA- genomiltaan evoluutionsa aikana esteettä.

torsdag 8 oktober 2015

Polyfosfaattien osuutta on tutkittu verihiutaleiten reaktiotien ytheydessä

Polyfosfaateja ei ole eroteltu IP6 ja muut polyfosfaoatit  ryhmiin. Sentakia  tulokset eivåt ole toistettavissa.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23896408
Trombosyytin polyfosfaatit?
Näitä pitää vähän aktsoa enemmän kun ehtii. 


måndag 5 oktober 2015

Pystyykö IP6 liittymään proteiiniin vai ei?

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26397942
Artikkeli 23. syyskuuta 2015+ Jio C et al. On syntetisoitu biotinyloitu  IP6 , jolal voi tutkia DNA DSB korjaantumista ja IP&-sitovien proteiinien affiniteetia.
Biochemistry. 2015 Sep 23. [Epub ahead of print]

Synthesis of biotinylated inositol hexakisphosphate to study DNA double-strand break repair and affinity capture of IP6-binding proteins.

TIIVISTELMÄ 

IP6 (fytiini)  on liukoinen  inositolipolyfosfaatti, jota on imettäväissoluissa runsaasti. Siitä huolimatta, että IP6 osallistuu  kriittisiin solufunktioihin, on voitu luonnehtia vain harva  IP6:een sitoutuva proteiini.

  • Tässä työssään tiedemiehet raportoivat syntetisoineensa IP6- biotiinin, luonnehtineensa sen ja  soveltaneensa sitä käyttöön. IP6-biotiinissa biotiini on liitetty myo-inositolirenkaan 2- asemaan aminohexyylilinkillä.  Aivan kuten luonnon IP6 niin myös biotinyloitu IP6 stimuloi DNA-ligaatiota NHEJ- tapahtumassa in vitro ( Non-Homologous End-Joining) Ku on ainoa NHEJ-tekijä, jonka on osoitettu sitovan inositolihexafosfaattia IP6. 
  •  https://www.ebi.ac.uk/interpro/potm/2004_7/Page2.htm

Abstract

Inositol hexakisphosphate (IP6) is a soluble inositol polyphosphate, which is abundant in mammalian cells. Despite participation of IP6 in critical cellular functions, few IP6-binding proteins have been characterized. We report on synthesis, characterization and application of biotin-labeled IP6 (IP6-biotin), which has biotin attached at the 2-position of myo-inositol ring via an aminohexyl linker. Like natural IP6, IP6-biotin stimulated DNA ligation by non-homologous end joining (NHEJ) in vitro. The Ku protein is a required NHEJ factor that has been shown to bind IP6.
  •  Tiedemiehet totesivat, että IP6-biotiini pystyi affiniteetti-sieppaamaan Ku- proteiinia ja muita  vaadittavia NHEJ-faktoreita ihmissolu-uutteista ja niiden joukossa  oli  DNA.sta riippuvaisen proteiinikinaasin katalyyttinen alayksikkö (DNA-PKcs), XRCC4 ja XLF.

 We found that IP6-biotin could affinity-capture Ku and other required NHEJ factors from human cell extracts, including the DNA-dependent protein kinase catalytic subunit (DNA-PKcs), XRCC4 and XLF

  •  Suoraan sitoutumiskokeissa rekombinantilla proteiinilla osoitautui että Ku oli ainoa NHEJ-faktori, jolla oli affiniteetti IP5-biotiiniin.  Soluextraktissa teki interaktion Ku:n kanssa DNA-PKcs, XLF ja XRCC4 ligaasiIV-kompleksi  joten interaktio  on todennäkösiesti epäsuora IP6-biotiiniin.

. Direct binding studies with recombinant proteins show that Ku is the only NHEJ factor with affinity for IP6-biotin. DNA-PKcs, XLF and the XRCC4:Ligase IV complex interact with Ku in cell extracts and likely interact indirectly with IP6-biotin.
  • Sitten käytettiin IP6-biotiinia kytkemään  streptavidiini Ku-proteiiniin, mikä esti in vitro NHEJ taaphtuman. 
 IP6-biotin was used to tether streptavidin to Ku, which inhibited NHEJ in vitro. 
  •  Näistä  oletusta  testaavista kokeista voi arvella,  että  IP6-biotiinin kaltaiset molekyylit voisivat toimia molekulaarisina kohteina biologisesti tärkeille  proteiineille, jotka sitovat IP6:ta ( joita siis halutaan tutkia ja tunnistaa- jos niitä on olemassakaan)
These proof-of-concept  experiments suggest that molecules like IP6-biotin might be used to molecularly target biologically important proteins that bind IP6.
  •  IP6-biotiini affiniteetti-kaappauskokeet osoittavat, että lukuisat proteiinit sitovat spesifisesti IP6-biotiinia, kuten kaseiinikinaasi 2 (CK2), jonka tiedetään sitovan IP6 ja nukleoliinia. 
 IP6-biotin affinity capture experiments show that numerous proteins specifically bind IP6-biotin, including casein kinase 2 (CK2), which is known to bind IP6, and nucleolin.
  •  Proteiinin sitoutuminen IP6-biotiiniin on selektiivistä, koska IP3, IP4 ja IP5 eivät kilpaile IP6-biotiiniin sitoutuvista proteiineista. Nämä tulokset ovat todiste siitä, että IP6-biotiini on hyödyllinen väline, jonka avull voi tutkia IP6:n osuutta biologisissa systeemeissä.
 Protein binding to IP6-biotin is selective, as IP3, IP4 and IP5 did not compete for binding of proteins to IP6-biotin. Our results document IP6-biotin as a useful tool to investigate the role of IP6 in biological systems.
PMID:
26397942
[PubMed - as supplied by publisher]

Kommentti vuodelta 2004 (P. Aas väitöskirjasta)  

NHEJ ja HR

DSB- vauriot voivat korjaantua joko
non-homologous end joining” (NHEJ)- menetelmällä tai yleisesti ottaen tarkempaa homologisen rekombinaation (HR) tietä käyttäen.
Ihmisen soluissa DSB -vaurion korjaus tapahtuu pääasiallisesti NHEJ-tietä. Kuitenkin HR ja NHEJ voivat kilpailla DSB-vaurion korjaamisesta (2003), erikoisesti myöhäisen DNA-synteesi (S) faasin ja G2- faasin rajakohdassa, kun sisarkromatidit ovat lähellä toisiaan: Tässä kohtaa on HR päämekanismina DSB-korjauksessa.

NHEJ- menetelmä

Katkoskohdan päihin alkaa kertyä korjausproteiineja. NHEJ alkaa siten, että katkenneet DNA-päät kiinnittävät runsasta Ku70/Ku86 heterodimeeriä ja DNA-proteiinikinaasin (PK) katalyyttistä(c) alayksikköä(s) nimeltä DNA-PKcs. Tämä kinaasi aktivoituu, kun se kiinnittyy DNA-päihin ja fosforyloi proteiinin ARTEMIS.
DNA-PKcs ja ARTEMIS muodostavat kompleksin. Niin koeputkessa kuin kehossa tämä kompleksi toimii endonukleaasin tavoin ja trimmaa DNA-päät DSB-vauriokohdassa ( poistaa 5´ ja trimmaa pitkät 3´ pätkät) ja on kykenevä irrottamaan
( pilkkomaan) DNA-pinnimuodostumat, joita VDJ-rekombinaatiossa tulee. Arvellaan, että polymeraasi täyttää gap- aukkoa NHEJ:n aikana, mutta ei tiedetä, mikä niistä ( template -dependent fill in synthesis). Arvellaan, että Polymeraasi u ( myy) on asialla. (2002). Kohdan sinetöi sitten XRCC4-DNA ligaasi-IV-kompleksi.
Ketjut ovat korjautuneet ( error prone).

Jos tämä ARTEMIS joutuu inaktivoivan mutaation kohteeksi, seuraa kliinisesti vaikea kombinoitu immuunipuutostila (SCID) ihmisessä. Koe-eläimessä todetaan vastaavaa tilaa jos DNA-PKcs on toimimaton. Fenotyyppi johtuu funktionaalisen VDJ rekombinaatiokyvyn puutteesta.

tisdag 29 september 2015

Leipova osa maailmaa haluaa hajoittaa fytiinin.

Jos  fytiiniä ei hajoiteta  hiivalla ja leivinjauheella, kuten Pohjoismaissa, se koetetaan hajoittaa  monella muulla keinoin. Tässä on esimerkki "hyvästä leivonnasta ja ruoanlaitosta, jossa "paha poika fytiini" hajoitetaan:
http://www.thenourishinggourmet.com/2010/09/reducing-phytic-acid-in-grains-and-legumes.html
ja kuten yleensä: olen sitä mieltä että juuri fytiininhajoittamisperiaate on  maailman syöpätautien ja suolistotulehdusten syynä milteipä ykkössijalla.

Tässä saa sitten olla koko maailman leipojakaartia vastaan.
Kukaan ei tule muuttamaan tapojaan  leipoa  tuotteitaan,  joissa  fytiini on äärimmäisen hajoitettu fosfaateistaan.
 Jatkan erämaavaellustani tekemällä kuitupitoisia vohveleitani, joissa EI ole hiivaa lisänä.
 Tosin moni tekninen gluteeniton jauho sisältää jonkinlaista nostatusainetta joukossa, mutta sen vaikutusta voin vähentää valmistamalla vohvelit heti odottamatta mitään käymisreaktiota ja lisäämällä kuituvalmisteita taikinaan.

Kaikki leipomisohjeet julistavat sitä miten fytiini saadaan hajoitetuksi yhä paremmin eri tekniikoin. 

(Huomaan että suomen kielen korjaaja-moduli korjaa väärin verbin hajoittaa: Jos kantasana on a-päätteineen, verbiin tulee i. Jos o- pääteinen, ei tule tässä yhteydessä. .
haja- hajoittaa
valo- valottaa  )