Kiinnostava FYVE-domeeni_ mitä siitä tiedetään? Harmaan aivosolun EEA1 reseptoriproteiini omaa myös FYVE domaanin

Kerään jotain lähdetietoa.
https://www.sciencedirect.com/topics/biochemistry-genetics-and-molecular-biology/fyve-domain 
SITEERAAN tästä linkistä seuraavia  tietoja.

 Löytö on tuo EEA1, joka on tärkeä harmaassa aivokuoressa excitatorisen aminohapon glutamaatin järjestelmässä  toimiva reseptori.  Myös koko  fosfoinositidien ja inositolifosfaattien  PI-aineenvaihdunta-alue on aivoissa tärkeä.  Siihen järjestelmäänkin kuuluu inositolijohdannaisia kai  yli 35 erilaista.  kehon  tapa hyödyntää  FYVE-domeenia on proteiinien tapa seuloa  esiin ja  integroida  PI(3)P  muista  kymmenistä   inositolifosfateista ja  fosfoinositideistä  erilleen. Samoin on  neuroneille  tärkeä saada kehkeytettyä endogeenistä yksittäistä glutamiinihappoa (Glu9  ja pitää yllä sen integroitua aineenvaihduntaa, johon taas on  monta erilaista reseptoria  erottamassa  vaikutusteitä.
 (Lisäksi FYVE- domeenin N-terminaalissa omaa TP53  (Kr.17p13.1) . Otan sen rakenteen erikseen EAA1:n jälkeen )

FYVE domain

The FYVE domain is the only phosphoinositide-binding domain found so far to only bind a single phosphoinositide (namely, PtdIns3P) (De Matteis & Godi, 2004).

From: Methods in Enzymology, 2014

Volume 2

Roger L. Williams, in Handbook of Cell Signaling (Second Edition), 2010

FYVE Domains

The FYVE domains are found in many proteins involved in membrane transport [33].

The FYVE domains from Vps27 [34], Hrs [35], and EEA1 [36,37] consist of two small β-sheets stabilized by two Zn²⁺ ions and a C-terminal α-helix.

The PtdIns(3)P forms hydrogen bonds with the protein by using the 1- and 3-phosphates and the 4-, 5-, and 6-OH groups [37]. The close approach of these hydrogen-bonding partners precludes polyphosphorylated phosphoinositides from binding (Figure 135.3).

 The 3-phosphate forms a hydrogen bond with the last arginine in the (R/K) (R/K)HHCR signature motif characteristic of the FYVE domains. The 1-phosphate interacts with the protein via the first Arg of this motif. Like the PH domains, the FYVE domain buries only one face of the bound phosphoinositide.

 For EEA1, the face with the axial 2-OH is exposed to solution. The presence of the coiled-coil region preceding the EEA1 FYVE domain helps to unambiguously define the mode of membrane interaction and suggests that a loop flanking the PtdIns(3)P pocket, the “turret” loop, penetrates into the lipid bilayer (Figure 135.3). Biophysical measurements indicate that this partial membrane penetration follows rather than precedes specific PtdIns(3)P binding [38].

• LISÄTIETO PubMed Gene EEA1 

 EAA1 gene, (Kr.11q23.3), KA1, GRIK, GluK4

Preferred Names

glutamate receptor ionotropic, kainate 4

Names

excitatory amino acid receptor 1

glutamate receptor KA1

glutamate receptor, ionotropic, kainate 4

Conserved Domains (4) summary

cd06394
Location:26 → 400

PBP1_iGluR_Kainate_KA1_2; N-terminal leucine/isoleucine/valine-binding protein (LIVBP)-like domain of the KA1 and KA2 subunits of Kainate receptor

cd13724
Location:415 → 785

PBP2_iGluR_kainate_KA1; The ligand-binding domain of the kainate subtype KA1 of ionotropic glutamate receptors, a member of the type 2 periplasmic-binding fold protein superfamily

pfam00060
Location:547 → 816

Lig_chan; Ligand-gated ion channel

pfam01094
Location:43 → 382

ANF_receptor; Receptor family ligand binding region

 FYVE- ei ole merkitty konservoituneisiin domaaneihin mutta näkee tuosta peptidirakenteesta jotain, asetan tummalla FYVE jaksoja  muutaman pätkän sekvenssitä. niitä on kai enemmän kuin kaksi, itseasiassa N-terminaalista  päin  on paljon FYVE- jaksoja.  C-terminaali on toista  sorttia. Tietysti vasta käytännöstä näkee, mikä  FYVE jakso kiinnittää PI3P.  Tiedemiehet eivät ole kirjoitaneet tähän, minkä jakson he kutsuvat FYVE-domeeniksi, poimin vain jaksot jossa on  yksittäinen F Y V E järjestys havaittavissa.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/NP_001269399.1

ORIGIN      
        1 mprvsaplvl lpawlvmvac sphslriaai lddpmecsrg erlsitlakn rinraperlg
       61 kakvevdife llrdseyeta etmcqilpkg vvavlgpsss passsiisni cgekevphfk
      121 vapeefvkfq fqrfttlnlh psntdisvav agilnffnct taclicakae cllnlekllr
      181 qfliskdtls vrmlddtrdp tpllkeirdd ktatiiihan asmshtillk aaelgmvsay
      241 ytyiftnlef slqrmdslvd drvnilgfsi fnqshaffqe faqslnqswq encdhvpftg
      301 palssallfd avyavvtavq elnrsqeigv kplscgsaqi wqhgtslmny lrmveleglt
      361 ghiefnskgq rsnyalkilq ftrngfrqig qwhvaeglsm dshlyasnis dtlfnttlvv
      421 ttilenpylm lkgnhqemeg ndryegfcvd mlkelaeilr fnykirlvgd gvygvpeang
      481 twtgmvgeli arkadlavag ltitaerekv idfskpfmtl gisilyrvhm grkpgyfsfl
      541 dpfspgvwlf mllaylavsc vlflvarltp yewysphpca qgrcnllvnq yslgnslwfp
      601 vggfmqqgst iapralstrc vsgvwwaftl iiissytanl aafltvqrmd vpiesvddla
      661 dqtaieygti hggssmtffq nsryqtyqrm wnymyskqps vfvksteegi arvlnsnyaf
      721 llestmneyy rqrncnltqi gglldtkgyg igmpvgsvfr defdlailql qennrleilk
      781 rkwweggkcp keedhrakgl gmeniggifv vlicglivai fmamleflwt lrhseatevs
      841 vcqemvtelr siilcqdsih prrrraavpp prppipeerr prgtatlsng klcgagepdq
      901 laqrlaqeaa lvargcthir vcpecrrfqg lrarpspars eeslewektt nssepe